Po wyjściu z więzienia podjął pracę lekarza wiejskiego we wsi Ropa k. Gorlic. W marcu 1943 przeniósł się do Krosna, gdzie w miejscowym szpitalu pełnił funkcję ordynatora oddziałów: chorób wewnętrznych i zakaźnego. Ewakuowany w maju 1944 do Gorlic, prowadził tam oddział chorób wewnętrznych do marca 1945, po czym powrócił do wyzwolonego Poznania i rozpoczął pracę jako adiunkt w II Klinice Chorób Wewnętrznych.

W maju 1945 habilitował się, a w sierpniu uzyskał nominację na docenta patologii szczegółowej i terapii chorób wewnętrznych. Od września 1946 organizował I Klinikę Chorób Wewnętrznych Uniwersytetu Poznańskiego i pełnił obowiązki jej kierownika aż do powołania we wrześniu 1948 na stanowisko kierownika I Katedry i Kliniki Chorób Wewnętrznych Akademii Lekarskiej w Gdańsku. Pracownik naukowy Akademii Medycznej w Gdańsku. W latach 1955–1956 dziekan Wydziału Lekarskiego. Od 1959 do 1965 prorektor ds. klinicznych. W 1958 mianowany profesorem zwyczajnym. W latach 1965–1968 pełnił funkcję prorektora ds. nauki a następnie od 1968 do 1972 – rektora gdańskiej AM.mały|Grób prof. Mariana Górskiego na Cmentarzu Srebrzysko w GdańskuDziałalność naukowa profesora Mariana Górskiego związana była głównie z hepatologią i gastroenterologią.