W 1315 roku źródła po raz pierwszy wymieniły funkcjonującą na zamku infirmerię. Zachowane inwentarze z lat 1382–1441 wskazują natomiast na duże znaczenie militarne i gospodarcze Dzierzgonia. Zamek uchodził za jeden z największych, obok Malborka, arsenałów zakonu oraz za drugi po Brodnicy magazyn zbożowy państwa krzyżackiego.
Wojny polsko-krzyżackie Podczas wielkiej wojny z zakonem w latach 1409–1411 na zamku przetrzymywano polskich jeńców wziętych do niewoli m.in. pod zamkiem w Złotorii. 21 lipca 1410 roku, kilka dni po bitwie pod Grunwaldem, zamek został zajęty przez wojska polsko-litewskie Władysława Jagiełły.
Jan Długosz opisywał bardzo bogate zapasy przejęte w warowni: żywność, zboże, piwo, wino, tkaniny oraz wyposażenie zakonne. W kaplicy zamkowej odnaleziono rzeźbione obrazy, które Jagiełło polecił wysłać do Królestwa Polskiego i przekazać kościołowi Najświętszej Marii Panny w Sandomierzu, wraz ze srebrnym pozłacanym krzyżem zabranym wcześniej przez Krzyżaków z Brodnicy.
Zarząd nad zdobytym zamkiem król powierzył Zbigniewowi z Brzezia, marszałkowi Królestwa Polskiego. Już w październiku 1410 roku Dzierzgoń został jednak odbity przez oddziały wielkiego mistrza Heinricha von Plauena.