Latem 1998 roku Ayala trafił do Hiszpanii. Został zawodnikiem Realu Betis, a w Primera División zadebiutował 20 września w przegranym 0:1 wyjazdowym spotkaniu z Racingiem Santander. W Betisie rozegrał tylko 17 spotkań, a po roku odszedł z zespołu. Został zawodnikiem stołecznego Atlético (debiut: 19 grudnia w przegranym 1:2 meczu z FC Barcelona). W Atlético zagrał 9 razy i był rezerwowym m.in. dla rodaka Carlosa Gamarry.
W połowie 2000 roku Ayala został piłkarzem brazylijskiego São Paulo FC i występował tam przez pół roku. Na początku 2001 roku wrócił do River Plate i przez pierwsze trzy sezony występował w pierwszym składzie. W 2002 i 2003 roku został mistrzem fazy Clausura, ale doznał kontuzji, która wyeliminowała go z gry na prawie dwa sezony. W 2006 roku na krótko trafił do chilijskiego CSD Colo-Colo i po rozegraniu 6 spotkań zakończył piłkarską karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1990 Club Olimpia Primera División ? ? 1991 Club Olimpia Primera División ? ? 1992 Club Olimpia Primera División ? ? 1993 Club Olimpia Primera División ? ? 1994 Club Olimpia Primera División ? ?