Prezydentura 22 września 2008 został mianowany przez Afrykański Kongres Narodowy kandydatem do objęcia urzędu prezydenta RPA, po rezygnacji ze stanowiska przez Thabo Mbekiego"Zuma ally 'to be S Africa leader'", BBC News, 22 września 2008.. Mbeki zrezygnował z urzędu szefa państwa dzień wcześniej, po apelu ze strony ANC po tym, jak pod jego adresem pojawiły się zarzuty ingerencji w postępowanie prokuratorskie przeciw przewodniczącemu ANC, Jacobowi Zumie"South Africa president steps down", BBC News, 21 września 2008..
25 września 2008 został wybrany prezydentem przez parlament, w którym ANC posiada większość głosów. W głosowaniu zdobył 269 z 351 głosów. Motlanthe miał pełnić funkcję prezydenta do czasu wyborów generalnych w kwietniu 2009 i wyboru przez parlament nowej głowy państwa"Prezydent na pół roku", TVN24.pl, 25 września 2008..