Pomimo autorytarnych rządów potrafił respektować Senat i legalne instytucje. Lud go kochał i podziwiał. Ponadto wielu korzystało z jego bogactwa i przepychu panującego na dworze, który dawał wiele miejsc pracy. Giovanni był traktowany jak książę, mimo iż nie posiadał tego tytułu. Kochał się w turniejach i lubił świętować razem ze współobywatelami.
Małżeństwo Po śmierci kuzyna Sante poślubił w 1464 wdowę po nim, Ginevrę Sforza, z którą miał szesnaścioro dzieci. Jedenaścioro z nich dożyło dorosłego wieku. Ginevra nie była kochana przez lud, ponieważ gustowała w przesadnie okazałych strojach i zbytnio popisywała się swoją urodą. Nie znosiła sprzeciwu i nie miała litości dla wrogów.
Spisek Malvezzich W 1488 klimat pokoju i zgody kreowany przez Giovanniego został zatruty spiskiem Malvezzich, którzy swego czasu byli przyjaciółmi Bentivoglio, ale teraz uknuli spisek mający na celu zamordowanie całej rodziny Bentivoglio. Aby osiągnąć ten cel szukali również pomocy u Wawrzyńca Wspaniałego. Spisek został wykryty i wszyscy Malvezzi zamordowani, uwięzieni lub wygnani. Po tych wydarzeniach do miasta wrócił spokój, ale Giovanni II już nie ufał bezgranicznie mieszkańcom Bolonii. Nigdy już nie pokazywał się publicznie bez eskorty i bez broni.