W 1936 roku, w wieku 21 lat, Müller został wybrany nadzorcą oddziału Mezinárodní sdružení badatelů Bible, československá větev (Stowarzyszenie Międzynarodowych Badaczy Pisma Świętego, Oddział Czechosłowacki) z siedzibą w Pradze, która służyła nadzorowaniu działalności Świadków Jehowy w Czechosłowacji, i zastępcą nadzorcy oddziału Czechosłowackiego Oddziału Towarzystwa Biblijnego i Traktatowego Strażnica w Pradze, który zajmował się sprowadzaniem publikacji i ich dystrybucją oraz organizacją zebrań.
Müller miał podjąć służbę wojskową 1 października 1937 roku. Jak później pisał: „Sumienie podpowiadało mi jednak, że Bóg nie chce, aby Jego słudzy ‛uczyli się wojowania’ (Księga Izajasza 2:4). Ufałem, że Jehowa da mi dość sił i wytrwałości do sprostania nadchodzącym próbom”. W konsekwencji został aresztowany, stając się pierwszą osobą, uwięzioną w Czechosłowacji z powodu odmowy służby wojskowej. Między październikiem 1937 a końcem marca 1939 roku z tego powodu sąd wojskowy cztery razy skazał go – każdorazowo na karę kilku miesięcy pozbawienia wolności.