Okres hitlerowski 1 kwietnia 1939 Müller został zwolniony z więzienia. Dwa tygodnie wcześniej, 15 marca 1939, hitlerowskie Niemcy zajęły Czechy i Morawy. Müller zgłosił się z powrotem do biura Świadków Jehowy. Tam zajął się przygotowywaniem sprzętu do wywozu. Tłumaczył też czasopisma – „Strażnicę” i „Pociechę”. W trakcie przygotowywania biura do zamknięcia kilkakrotnie był przesłuchiwany przez Gestapo. Wielu współwyznawców otrzymało wówczas paszporty i wyjechało z kraju. On również uzyskał pozwolenie na wyjazd, ale kiedy się do tego przygotowywał, dotarła do niego prośba z biura w szwajcarskim Bernie, by jednak pozostał w Czechach. Miał zapewnić niezbędny nadzór organizacyjny i duchowy, by koordynować działalność podziemną Świadków Jehowy w kraju. Zaakceptował tę prośbę i nadzorował podziemną działalność w czasach okupacji i wojny.
W 1941 roku Müller został ujęty, aresztowanyYearbook of Jehovah’s Witnesses 1971, s. 136 oraz wysłany do hitlerowskiego obozu koncentracyjnego Mauthausen. Wiele lat później pisał o swoim obozowym życiu: „Świadkowie mogli być z niego zwolnieni, gdyby tylko podpisali formularz, wyrzekając się swojej wiary. SS próbowało różnych sposobów, aby zachęcić ich do podpisania, ale niewielu to zrobiło”.