Przez 4-letni okres uwięzienia był poddawany torturom, których celem było nakłonienie go, by wyrzekł się swojej religii.
Okres komunizmu Müller był jednym z pierwszych Świadków Jehowy, którzy powrócili do domu. Zaczął ponownie nawiązywać kontakty ze współwyznawcami w kraju. W listopadzie 1945 roku został nadzorcą Biura Oddziału Świadków Jehowy w Czechosłowacji, którzy przez kolejne trzy lata doświadczyli względnego spokoju. Po zakończeniu okupacji hitlerowskiej a przed nastaniem rządów komunistycznych, została przyznana im wolność, w trakcie której Müller organizował dalszy rozwój działalności Świadków Jehowy w Czechosłowacji.
Jednak 28 listopada 1948 urzędnicy bezpieczeństwa państwa zajęli biuro, aresztowali Müllera i resztę personelu urzędu oraz skonfiskowali ich budynek. Müller protestował, wyjaśniając, że konfiskatę musi poprzedzać nakaz sądowy. Zdołał wynieść część dokumentów nieznalezionych wcześniej przez służbę bezpieczeństwa. Ale gdy wrócił do Betel, został aresztowany – wraz z innymi osobami pracującymi w Biurze Oddziału. Dopiero 4 kwietnia 1949 roku Ministerstwo Spraw Wewnętrznych wydało decyzję o zakazie działalności Towarzystwa Strażnica i konfiskacie jego mienia.