Pierwszą epidemię choroby wywoływanej przez niego odnotowano w 1998 roku w malezyjskim mieście Ipoh u personelu chlewni, w której znajdowały się chore świnie, i konsumentów wieprzowinyGliński, Z., & Żmuda, A. (2020). Wirus Nipah – zagrożenie dla hodowli, zoonoza, broń biologiczna. Życie Weterynaryjne, 95(02), 69–73.. Pierwsze przypadki zakażenia wirusem Nipah u ludzi występowały z ostrym zapaleniem układu oddechowego lub zapaleniem mózgu o ciężkim i zazwyczaj śmiertelnym przebiegu. Przypadki te początkowo mylnie rozpoznano jako japońskie zapalenie mózgu. W kolejnym roku wirus Nipah był przyczyną masowych zachorowań koni, kóz, owiec, psów i kotów, a dwa lata później chorobę powodowaną przez wirusa diagnozowano w Bangladeszu i wschodnich Indiach. Od stycznia 2016 r. jako regiony zagrożone zakażeniem wskazuje się Kambodżę, Ghanę, Madagaskar, Filipiny i Tajlandię, gdzie stwierdzono występowanie nietoperzy z rodzaju Pteropus. Na Malajach przeciwciała przeciw wirusowi Nipah stwierdzono w 9–27% koloniach różnych gatunków nietoperzy z rodzaju Pteropus.