Obraz kliniczny choroby u zwierząt jest zróżnicowany.
U ludzi wirus Nipah szerzy się drogą kontaktów bezpośrednich, zarówno między ludźmi jak i między ludźmi i zwierzętami (w obie strony), a także przez pokarm zanieczyszczony wirusem (wieprzowinę oraz owoce i soki owocowe zanieczyszczone moczem i śliną żerujących zakażonych nietoperzy. Wirus jest obecny w dużych ilościach w ślinie, wydzielinie układu oddechowego i moczu. Okres wylęgania choroby Nipah wynosi od 2 do 14 dni, ale może wynieść też miesiąc lub więcej. Choroba może mieć charakter bezobjawowy (w Malezji w 8–15% zakażeń), łagodny lub ciężki. Chorobę cechuje postępujące wysoce śmiertelne (40–50%) zapalenie mózgu lub zapalenie opon mózgowych i wysoka gorączka, bóle głowy, nudności, bóle gardła i mięśni oraz zapalenie układu oddechowego, a w późniejszych stadiach pojawiają sią zaburzenia krążenia (układowe zapaleniem naczyń) oraz ciężkie zapalenie płuc. W chorobie o ciężkim przebiegu może pojawić się posocznica, krwawienia z przewodu pokarmowego i zaburzenie czynności nerek. Śmiertelność może sięgać 40%, a w niektórych ogniskach było to 70–75%, przy czym większość pacjentów umiera w śpiączce. U około 20-30% ozdrowieńców występują zaburzenia neurologiczne.