Po tym zdarzeniu bracia udali się do zaprzyjaźnionej rodziny Rockbellów, gdzie Winry wykonała protezy dla Eda. W rok po tych wydarzeniach, 3 października 1911 bracia spalili swój dom i wyruszyli poszukiwać sposobu na odzyskanie dawnych ciał.
Od tej chwili bracia szukają kamienia filozoficznego, dzięki któremu mogliby odzyskać ciała. Udaje mi się zdobyć informacje o nim, od doktora Marcoh, który kiedyś nad nim pracował. Niebawem trafiają na ślady homunkulusów, mając nadzieję, że dzięki ich nieśmiertelności zdołają także osiągnąć swój cel. Po starciu z Greedem, Alphonse odzyskuje wspomnienia po otwarciu Bramy i ujrzeniu „Prawdy” i od tej chwili jest w stanie transmutować bez rysowania kręgu. Wkrótce na swojej drodze spotykają podróżników z Xing – Ling, Lan Fan i Fu, którzy stają się ich sojusznikami. Niebawem dowiadują się, że armia jest kontrolowana przez homunkulusy, a dowodzi nimi Ojciec, który jest podobny do Van Hohenheima. Aby przeciwstawić się homunkulusom, a także aby znaleźć May Chang (dziewczynkę posługującą się danchemią – leczniczą alchemią), Al i Ed wyruszają na północ i trafiają do fortecy Briggs, dowodzonej przez generał Olivier Mirę Armstrong. W tym czasie zbroja zaczyna odrzucać duszę Ala, co może doprowadzić do jego śmierci.