Al zostaje także oddzielony od brata, przez pewien czas wędrując z grupą Scara, a następnie trafia do Liore, gdzie potyka się ze swoim ojcem. W lesie obok miasteczka, dochodzi także do konfrontacji z Pride'm. Alphonse obmyśla wówczas plan, polegający na tym, że Hohenheim ma utworzyć z ziemi wielkie więzienie, w którym mają się znaleźć Pride i Al. Ma to na celu przeczekanie Sądnego Dnia, jednak Pride'owi na pomoc przychodzi Solf Kimblee i uwalania go. Będąc w trudnym położeniu, młodszy z braci Elric podejmuje decyzję, aby skorzystać z mocy kamienia filozoficznego, by stawić czoło Kimbleemu i Pride'owi, a także uleczyć rannego Heinkela. Dzięki pomocy dra Marcoh udaje mu się pokonać Kimblee'go, a ucieczkę przed Pride'm umożliwia Yoki. Sam Alphonse nie może zostać zabity, ponieważ jest kandydatem na „ofiarę”. Podczas końcowej walki z Ojcem, kiedy życie Eda jest zagrożone, Al, z pomocą May, przeprowadza transmutancję swojej duszy (niszcząc zbroję i powracając do prawdziwego ciała za Bramą Prawdy) i dzięki temu przywraca bratu jego prawdziwą rękę. Aby przywrócić Ala do życia, Ed poświęca własną Bramę, tym samym zrzekając się umiejętności alchemicznych.