Dwa dni po ataku na Pearl Harbor „Mississippi” opuścił Islandię i popłynął na Pacyfik. Do San Francisco dotarł 22 stycznia 1942, gdzie spędził następne siedem miesięcy na szkoleniach i eskortowaniu konwojów wzdłuż wybrzeża. 6 grudnia, po uczestnictwie w ćwiczeniach w pobliżu Hawajów, okręt popłynął z transportowcami żołnierzy na Fidżi i wrócił na Hawaje 2 marca 1943. 10 maja okręt wypłynął z Pearl Harbor, aby wziąć udział w operacji odbicia przez Amerykę Aleutów. Pancernik ostrzeliwał wyspę Kiska 22 lipca a kilka dni później Japończycy się wycofali. Po przeglądzie w San Francisco „Mississippi” popłynął z San Pedro 19 października, by wziąć udział w inwazji na Wyspy Gilberta. Podczas bombardowania atolu Makin 20 listopada na okręcie doszło do wybuchu w wieży artyleryjskiej, podobnego zdarzenia do przedwojennego wypadku. Zginęło 43 członków załogi.
31 stycznia 1944 okręt wziął udział w inwazji na Wyspy Marshalla ostrzeliwując Kwajalein. 20 lutego bombardował Taroa, a następnego dnia Wotje. 15 marca atakował Kavieng na Nowej Irlandii. Letnie miesiące okręt liniowy spędził na przeglądzie stoczniowym w Puget Sound.