Po powrocie w strefę walk „Mississippi” wspierał 12 września lądowanie na Peleliu na wyspach Palau. Po tygodniu stałych walk okręt popłynął do Manus, gdzie pozostawał do 12 października. Wtedy opuścił wyspę i asystował w inwazji na Filipiny, ostrzeliwując wschodnie wybrzeże Leyte 19 października. W nocy 24 października pancernik wchodził w skład grupy okrętów liniowych admirała Jesse Oldendorfa i wziął udział w bitwie z japońskimi pancernikami w cieśninie . W rezultacie serii starć, których częścią była ta bitwa, nastąpiło ostateczne rozbicie japońskiej marynarki, po których już nigdy nie stanowiła ona większego zagrożenia.
„Mississippi” wspierał dalej operacje w zatoce Leyte do 16 listopada, kiedy popłynął w kierunku Wysp Admiralicji. Następnie wszedł do zatoki San Pedro 28 grudnia by wziąć udział w lądowaniu na wyspie Luzon. 6 stycznia rozpoczął ostrzeliwanie celów w zatoce Lingayen. Okręt został trafiony przez kamikaze w pobliżu linii wodnej, ale wspierał siły lądowe do 10 lutego. Po odbyciu napraw w Pearl Harbor okręt odpłynął w kierunku zatoki na Okinawie, gdzie 6 maja wspierał amerykańską operację desantową. Jego najcięższe działa zniszczyły budowle obronne w zamku Shuri, który powstrzymywał całą ofensywę.