5 czerwca kolejny samolot kamikaze rozbił się na jego prawej burcie, ale okręt działał w strefie walk na Okinawie do 16 czerwca.
Po ogłoszeniu kapitulacji Japonii „Mississippi” popłynął do zatoki Sagami na Honsiu, gdzie dotarł 27 sierpnia jako część wsparcia sił okupacyjnych. Zakotwiczył w Zatoce Tokijskiej i był obecny w miejscu podpisania dokumentu kapitulacji. Do USA okręt popłynął 6 września.
Okres powojenny thumb|USS „Mississippi” (AG-128)odpalający rakietę RIM-2 Terrier Okręt 27 listopada dotarł do Norfolk i tam przeszedł przebudowę na okręt testowy. 15 lutego 1946 zmieniono jego numer burtowy na AG-128. Jako część sił badawczych były pancernik spędził ostatnie dziesięć lat służby jako okręt doświadczalny systemów artyleryjskich i testował nowe bronie. Jego portem macierzystym był stale Norfolk. Okręt pomógł wejść US Navy w erę okrętów rakietowych, gdy sukcesem zakończyło się odpalenie rakiety RIM-2 Terrier 28 stycznia 1953 w pobliżu Cape Cod. Asystował także w ostatecznej ocenie pocisku AUM-N-2 Petrel, rakietotorpedy sterowanej radarem, w lutym 1956.