Osada była położona w ważnym strategicznie miejscu, przy drodze prowadzącej z Mandatu Palestyny do Egiptu. W 1946 osada została wykorzystana jako baza i miejsce odpoczynku sił realizujących plan budowy 11 osad obronnych na Negewie (hebr. 11 הנקודות, 11 HaNekudot). Działający stąd pionierzy założyli kibuce Kefar Darom, Be’eri i Tekuma.
Podczas I wojny izraelsko-arabskiej w maju 1948 kibuc znalazł się w żydowskiej enklawie odizolowanej na pustyni Negew przez egipską armię. Wcześniej zdołano ewakuować większość kobiet i dzieci. W dniu 15 lipca doszło do bitwy o Be’erot Jicchak, podczas której obrońcy ponieśli poważne straty, a kibuc został mocno zniszczony, jednak Egipcjanie musieli wycofać się. Zniszczenia były tak poważne, że jego mieszkańcy zdecydowali, że nie będą wracać do osady i utworzą nowy kibuc w centralnej części kraju. Na miejscu starego, zniszczonego Be’erot Jicchak, w 1951 powstał nowy kibuc Nachal Oz.