Byli członkowie zniszczonego kibucu Be’erot Jicchak znaleźli po wojnie tymczasowe schronienie w moszawie Bene Atarot. W grupie tej znajdowało się wiele wdów i sierot. W 1952 na północ od tego moszawu założyli oni nowy kibuc, który nazwali Be’erot Jicchak. Jego członkowie byli ściśle związani z syjonistyczną młodzieżową organizacją religijną Bene Akiwa. W 1963 nastąpiło otworzenie szkoły podstawowej. W 1970 wybudowano sieć nawadniającą sad owocowy oraz pola uprawne. W 1972 nastąpiło uroczyste otwarcie synagogi. Na początku lat 90. XX wieku kibuc znalazł się w głębokim kryzysie ekonomicznym, co zmusiło jego członków do przeprowadzenia w 2000 restrukturyzacji i prywatyzacji. Ustabilizowało to sytuację gospodarczą w Be’erot Jicchak.
Nazwa thumb|290px|Kibuc Be’erot Jicchak thumb|290px|Hodowla bydła w Be’erot Jicchak thumb|290px|Wjazd do kibucu Be’erot Jicchak Kibuc został nazwany na cześć rabina Jicchaka Nisanboima. Nazwa nawiązuje także do osoby patriarchy Izaaka, który posiadał w tym rejonie studnię.