Zmniejszenie powierzchni cmentarza Po 1903 roku, podczas asanacji Starego Miasta i Josefova, północny i południowo-zachodni fragment cmentarza przeznaczono pod poszerzenie istniejących i budowę nowych ulic. Część terenu zajęło praskie Muzeum Rzemiosła Artystycznego. Nagrobki z likwidowanych części zakopano na wolnych miejscach lub wmurowano w boczną ścianę cmentarza. Szczątki przeniesiono na wzniesienie nazywane „Nefele”, położone w pobliżu Synagogi Klausowej.
Nagrobki Najstarsze nagrobki mają formę prostych płyt z piaskowca, zakończonych półkoliście, szczytem lub prostą krawędzią. Od XV wieku stopniowo pojawiało się na nich coraz więcej elementów dekoracyjnych, których rozwój osiągnął szczyt w XVII wieku. Po 1600 roku nad grobami ważnych osobistości zaczęto wznosić czworoboczne tumby, określane po hebrajsku jako ohel. Trumna ze szczątkami nie znajduje się jednak wewnątrz tumby, lecz w ziemi. Najstarszą tumbą na cmentarzu jest nagrobek Mordechaja Maisela. Tumbę ma również rabin Löw.