W sprawach ważnych mistrz podejmował decyzje radząc się kapituły, w której skład wchodzili: seneszal, marszałek, szatny, komandor Królestwa Jerozolimskiego, Komandor Grodu Jeruzalem, komandor Akki, komandor Trypolisu i komandor Antiochii. Zastępcą wielkiego mistrza był seneszal, odpowiedzialny za zaopatrzenie i gospodarkę zakonu. Nad jego namiotem w obozie powiewała baussant – srebrzysto-biała chorągiew zakonu. Na czele hierarchii wojskowej stał marszałek, który dowodził hufcami w czasie wojny i był odpowiedzialny za dyscyplinę zakonników. Podczas bitwy marszałek osobiście dzierżył sztandar, najważniejszy znak dla walczących rycerzy.
Komandor Królestwa Jerozolimskiego był skarbnikiem zakonu. Komandor Grodu Jeruzalem odpowiadał za bezpieczeństwo szlaków pielgrzymkowych prowadzących nad Jordan. Komandor Jeruzalem i jego dziesięciu rycerzy miało przywilej strzec relikwii Świętego Krzyża, który stracono w czasie bitwy pod Hattin. Komandorzy, przy pomocy własnych marszałków i szatnych – sukienników, zarządzali swoimi prowincjami zakonnymi. Podlegali im kasztelani i komandorzy poszczególnych domów zakonnych.