Za czasów Filipa Augusta dokonano częściowych porządków na cmentarzu, otoczono go murem i poszerzono go o obszar dzisiejszego Placu Niewiniątek (wejście na cmentarz znajdowało się mniej więcej na miejscu dzisiejszej fontanny). W nadziei zmiany kiepskiej reputacji cmentarza i uczynienia go miejscem pielgrzymkowym, król sfinansował budowę kaplicy mieszczącej relikwie męczennika , uważanego za ofiarę mordu rytualnego. Faktycznie, wkrótce miejsce zasłynęło w całym kraju jako arena licznych cudów, a jego sława była tak wielka, że w czasie wojny stuletniej Anglicy, okupujący Paryż w latach 1420–1435, wywieźli szczątki męczennika do swojego kraju, zostawiając jedynie głowę.
Wygląd cmentarza w średniowieczu W tym okresie cmentarz rozciągał się mniej więcej między współczesnymi ulicami Berger, de la Ferronerie, Saint Denis i de la Lingerie. Dostęp doń umożliwiało pięć bram. Cmentarz dzielił się na część przeznaczoną dla bogatszych zmarłych, którym pozwalano budować tradycyjne we Francji kaplice nagrobne oraz część dla uboższych, których chowano w prostych mogiłach czy wręcz zbiorowych dołach. Oficjalną opiekę nad kościołem wspólnie sprawowały parafie prawego brzegu Sekwany. Nie wytyczono jednak dokładnych stref ich działania, co prowadziło do licznych konfliktów.