Na miejsce strzelaniny natychmiast udał się komendant miasta mjr Wojciech Albrycht, który zauważył, że strzały padają z gmachów na skrzyżowaniu ul. Gdańskiej i Jagiellońskiej, oraz że zabitych zostało pięciu cywilów. Zameldował o wydarzeniach gen. Zdzisławowi Przyjałkowskiemu, który przydzielił mu do pomocy dwie kompanie 62. Pułku Piechoty. Do akcji oczyszczającej miasto z dywersantów przystąpił też mjr Jan Sławiński z rezerwami 82. Batalionu Wartowniczego oraz ochotnicy (także harcerze). Całością działań dowodził gen. Przyjałkowski oraz mjr Wojciech Albrycht. Do akcji przeciwko dywersantom spontanicznie przyłączali się także mieszkańcy miasta.
Strzelanina ogarnęła ulice Bydgoszczy w wąskim pasie wzdłuż linii z północy na południe, a w jej czasie zdarzało się, że polscy żołnierze omyłkowo celowali do swoich. W poszukiwaniu dywersantów aresztowano osoby narodowości niemieckiej, na których ciążył choćby cień podejrzenia, a gdy znaleziono przy nich broń, zgodnie z prawem stanu wojennego rozstrzeliwano je na miejscu.