Dochodziło także do mordowania niewinnych Niemców, co w warunkach trwającego boju było praktycznie nie do uniknięcia, zwłaszcza że oficerowie w punktach dowodzenia stracili częściowo kontrolę nad działającymi pojedynczo grupami bojowymi.
Około godziny 16:00 strzały ucichły, sytuacja wyglądała na opanowaną, wojska polskie mogły dalej swobodnie wycofywać się przez Bydgoszcz. Zebrano około 600 podejrzanych Niemców w koszarach 62. Pułku Piechoty. Spośród zabitych dywersantów tylko część zidentyfikowano jako mieszkańców Bydgoszczy. Meldunki policyjne donosiły o odebraniu od dywersantów kilku karabinów maszynowych, jakich używano w wojsku niemieckim.
Do wieczora stwierdzono, że zginęło w wyniku niemieckiej dywersji 30-45 polskich żołnierzy oraz około 90-110 Niemców. Zwolniono też Niemców przetrzymywanych w koszarach, ponieważ wojsko i policja otrzymało rozkaz nocnej ewakuacji. Do ochrony miasta pozostawiono jedynie słabo uzbrojoną Straż Obywatelską złożoną z rezerwistów i weteranów. Faktycznie miasto pozostało bez władzy.