Po wojnie wiceprokurator ówczesnej Głównej Komisji Badania Zbrodni Niemieckich w Polsce Kazimierz Garszyński potwierdził, że Niemcy 3 września strzelali do wycofujących się polskich żołnierzy z 46 miejsc.
W nocy z 3 na 4 września niemieccy dywersanci ostrzelali kompanię 61 pp Wojska Polskiego podczas przekraczania Kanału Bydgoskiego, a rankiem zostały ostrzelane oddziały baterii 15. Dywizji Piechoty, które zaatakowano z ukrycia na Czyżkówku na ul. Grunwaldzkiej, Nakielskiej i Kujawskiej. W związku z tym, przy pomocy Straży Obywatelskiej i cywili, oddziały te przystąpiły do walki z niemieckimi dywersantami. Doszło do licznych starć w dzielnicy Szwederowo. W odróżnieniu od dnia poprzedniego, podejrzanych rozstrzeliwano na miejscu. W trakcie walk zniszczony został kościół protestancki przy ul. LeszczyńskiegoKrótka historia Szwederowa – Wieści – MM Moje Miasto..
5 września, przed południem, do opuszczonego miasta wkroczyli niemieccy żołnierze 123. Pułku Piechoty należącego do 50. Dywizji Piechoty.