Pod koniec 1613 roku, mimo poważnej choroby, Malapert zostaje wysłany przez swoich przełożonych do Polski. Nieznane są motywy tej decyzji. Początkowo Karol trafia do kolegium w Poznaniu a później do Kalisza. Tam przez dwa lata nauczał matematyki. W czasie wolnym od pracy dydaktycznej zaczął zajmować się własnymi badaniami, które dotyczyły matematyki i astronomii. Jego uczniami i współpracownikami było dwóch polskich jezuitów: Szymon Perovius i Aleksy Sylvius. Malapert był pierwszym astronomem w Polsce, który do swoich badań używał lunetyKarol Malapert (1581-1630). W 1614 roku, idąc za radą jezuity Christopha Scheinera zaczął stosować helioskop w badaniu plam słonecznych, które uważał za planety. Dzięki jego działalności Kalisz stał się najprężniej działającym ośrodkiem astronomicznym w Polsce. Przy pomocy Sylvusa skonstruował trzy typu przyrządów obserwacyjnych, które miały później wpływ na rozwój astronomii i techniki optycznej. W 1615 roku wydał, przy pomocy kaliskiego drukarza Gedeliusza, swój zbiór wierszy Variorum poematum fasciculus i parę innych dzieł, w tym tragedię Sedecias, którą dedykował królewiczowi Władysławowi Wazie. Była ona później przedrukowywana i tłumaczona w różnych krajach Europy. Znajomości zawarte w Polsce okazały się trwałe i Malapert korespondował z Peroviusem.