Sylvus natomiast wyjechał razem ze swoim nauczycielem.
W 1617 roku Malapert powrócił w rodzinne strony i rozpoczął pracę na uniwersytecie w Douai. Przez rok wykładał przedmioty humanistyczne a w 1618 roku był jednym z twórców katedry matematyki i od tamtej pory zajął się nauczaniem tego właśnie przedmiotu. Kontaktował się w tej sprawie między innymi z François d'Aguilonem. Od 1618 roku do 1627 roku zajmował się wykładaniem w Douai. Był to czas, w którym wielu innych belgijskich jezuitów skupiło się na matematyce. Założone przez nich uczelnie przyciągały studentów z całej Europy, do Niderlandów trafiali także brytyjscy katolicy, którzy z uwagi na wydarzenia w ojczyźnie, nie mogli prowadzić tam swoich szkół. W 1627 roku Malapert zostaje mianowany rektorem kolegium w Arras, którą to funkcję pełni do 1630 roku. Po powrocie do ojczyzny kontynuował rozpoczęte w Polsce badania. Dużą rolę w obserwacjach astronomicznych odgrywał Sylvus, stale współpracujący z Karolem. W tym czasie Malapert napisał większość swoich prac poświęconych nauce.