Opóźnienie w publikacji było spowodowane konfliktem z Scheinerem, który uważał się za odkrywcę tych obiektów i z tego powodu był zdania, że to jego praca ma pierwszeństwo.
Oprócz tego był autorem czterech książek napisanych przede wszystkim w celu ułatwienia nauki studentom. Zostały one opublikowane między 1620 a 1627 rokiem. Pierwsza z nich, Euclidis elementorum priores sex libri, zawierała wytłumaczenie poglądów Euklidesa zawartych w jego "Elementach". Druga, Faciliorum Geometriae elementorum libri duo, dotyczyła podstaw geometrii. Trzecia, Paraphrasis in omnes Aristotelis libros didactitos, była komentarzem do prac Arystotelesa. Największe znaczenie miała jednak ostatnia tego typu publikacja Malaperta: Arithmeticae praticae brevis institutio. In qua nova ratio dividendi per Tabulam Pythagoricam et alia non passim obvia explicantur. Była ona podręcznikiem do arytmetyki, ale oprócz standardowych informacji zawierała także opis urządzenia podobny do tak zwanej Kostki Napiera, opisanej przez Johna Napiera w Rabdologiæ z 1617 roku. Jest kwestią dyskusyjną czy był to plagiat czy raczej równoległe odkrycie.