Na przestrzeni dziesięciu lat wydał przynajmniej sześć dzieł traktujących o astronomii lub matematyce. W jednym z nich opisywał sposób budowy teleskopu oraz powierzchnię Księżyca, na który to temat trwała wówczas zacięta debata naukowa. Malapert był więc jednym z pionierów selenografii. Uważał, iż Księżyc ma kształt sferyczny a jego powierzchnia jest bardzo nierówna i naznaczona wieloma kraterami, wzniesieniami i obniżeniamiGalileo Project: Moon. Karol krytykował również poglądy głoszące, iż na Księżycu występuje życie, wykazując też czemu jego zdaniem jest to niemożliwe. Nie koncentrował się jednak tylko na księżycu. Pisał również o plamach słonecznych, kometach, planetach, pierścieniach Saturna i Drodze Mlecznej. Szczególnie zajmowały go komety, którym poświęcił osobne studium. Wśród mieszkańców Europy popularne były wówczas przesądy mówiące, iż komety są zapowiedzią jakichś nieszczęść bądź doniosłych wydarzeń. Malapert krytykował to podejście i wyjaśniał, iż jest to normalne zjawisko, choć oczywiście był zdania, że Bóg może na nie wpływać i objawiać nimi swoją wolę. W 1633 roku, już po śmierci Karola, ukazała się w Douai jego praca Austriaca Sidera heliocyclia astronomicis hypothesibus illigata, poświęcona zagadnieniu plam słonecznych.