Częściowo strawiony w żołądku i ewentualnie w wolu pokarm przechodzi do jelita ślepego, gdzie zostaje w znacznej mierze wchłonięty. Powierzchnia jelita ślepego jest pokryta licznymi fałdami. Do jelita ślepego ma ujście wątrobotrzustka, która u płaszczoobrosłych jest wyraźnie podzielona na dwie części. Z żołądka wychodzi jelito tylne, które przechodzi w jelito proste kończące się odbytem. Do jelita prostego ma ujście woreczek czernidłowy.
Układ wydalniczy Głowonogi mają jedną lub dwie pary nerek. Zrastają się one ze ściankami pni żylnych w pobliżu serca, które uwypuklają się do ich wnętrza tworząc gąbczaste wyrostki. Nerki otwierają się do wtórnej jamy ciała za pomocą lejkówWyjątek stanowią tu łodziki, u których dotyczy to tylko górnej pary nerek.. Ściany nerek pokrywa nabłonek wydzielniczy. Moczowody są parzyste. Mają one ujście w jamie ciała, po bokach odbytu.