Działania wojenne spowodowały zniszczenia wschodniej części katedry, zabudowań monasterium z krużgankami i sąsiedniej kolegiaty NMP, którą w 1803 zburzono. Ponadto świątynię zamieniono w obóz wojskowy, a liczne dzieła ruchome zostały sprzedane, drewniane dzieła natomiast spalono w celu ocieplenia wnętrza. Zniesiony został status arcybiskupstwa: katedra została świątynią diecezji mogunckiej, podporządkowanej archidiecezji fryburskiej z siedzibą we Fryburgu Bryzgowijskim. Tę funkcję pełni do dziś.
Biskup Josef Ludwig Colmar (1802-1818), podjął inicjatywę odbudowy katedry. Ideę tę wspierał sam Napoleon, ale do realizacji nie doszło. W 1813, w wyniku odwrotu Wielkiej Armii katedra pełniła ponownie rolę obozu wojskowego, dopiero w następnym roku przywrócono jej sakralną funkcję. Świątynie odbudowywano aż do 1831. Wschodnia wieża została przykryta żelazną kopułą (architekt Georg Moller), którą w 1870 zdjęto ze względu na jej ciężar, w wyniku którego mury wieży uległy licznym spękaniom.