Katedra w dobie baroku Odbywający się w latach 1545–1563 Sobór trydencki zarządził szereg postanowień m.in. dotyczących ujednolicenia liturgii, co wiązało się ze zmianami układu przestrzennego w celu zintegrowania duchowieństwa z wiernymi. W konsekwencji m.in. wyburzono gotyckie przegrody chórowe (część zachowanych rzeźb znajduje się w przykatedralnym muzeum). W roku 1767 piorun uderzył w gotycki hełm zachodniej wieży, ponadto burza zniszczyła dach katedry. W 1769 r. architekt Franz Ignaz Michael Neumann (syn Balthasara Neumanna) zaprojektował obecny hełm wieży. W podobnej konwencji odbudowano pozostałe wieże zachodnie oraz częściowo elewacje ścian.
Wnętrze katedry zostało pobielone, chór zachodni otrzymał rokokowe stalle. Na szczycie chóru zachodniego postawiono monumentalną figurę Św. Marcina (1769).
XIX-XX wiek thumb|Sztych Wiliama Tomblesona (ok. 1840) Schyłek XVIII stulecia był burzliwym okresem. Po zniszczeniach katedry w wyniku rewolucji francuskiej i najeździe wojsk francuskich w 1792 świątynia została uszkodzona w następnym roku w wyniku oblężenia Moguncji przez armię Fryderyka II. Zdobycie miasta przez Prusy przypieczętowało koniec istnienia Republiki Moguncji.