W odpowiedzi na działania ludzi, system dokonuje samoobrony i wysyła na teren Rosji bezzałogowe bombowce z głowicami nuklearnymi, poprawnie domyślając się kontrataku na Stany – dochodzi do Dnia Sądu.
Sarah i młody John, wspólnie z drugim Terminatorem z przyszłości (tym razem przeprogramowanym i wysłanym przez Johna Connora), przeprowadzają nalot na Cyberdyne Systems i z powodzeniem niszczą zarówno procesor jak i metalową rękę pierwszego Terminatora oraz dużą część danych dotyczących badań, które przyczyniły się do rozwoju Skynetu. W trakcie nalotu ginie Miles Dyson. Skynet przesłał w czasie kolejnego Terminatora, bardziej zaawansowanego T-1000, celem zlikwidowania Johna Connora. T-1000 również zostaje zniszczony.
Terminator 3: Bunt maszyn
Dzień Sądu nie został powstrzymany, jedynie przesunięty w czasie. W Terminator 3: Bunt maszyn, Skynet jest opracowywany przez (CRS) jako oprogramowanie do podejmowania strategicznych decyzji w czasie rzeczywistym oraz ochrony systemów komputerowych przed cyberatakami. W usuniętej scenie CRS ukazano jako wewnętrzny producent oprogramowania dla Armii Stanów Zjednoczonych, który otrzymał dostęp do oryginalnych projektów Skynetu autorstwa Cyberdyne z zarejestrowanych patentów. Rozwój Skynetu jest nadzorowany przez oficera Sił Powietrznych, generała porucznika Roberta Brewstera.