W latach 1959–1972 pełniła funkcję dyrektora Muzeum Etnograficznego w Toruniu. W roku kończącym pracę kierowniczą przeszła na emeryturę. Inwentarz muzealny, jaki pozostawiła po sobie prof. M. Znamierowska-Prüfferowa składał się z blisko 14 tys. zbiorów etnograficznych pochodzących z obszaru północnej Polski, w tym obejmował najbogatszą w ówczesnym okresie kolekcję tradycyjnego rybołówstwa. Zawierał 3 wystawy stałe, dotyczące kultury materialnej i sztuki ludowej oraz zorganizowaną salę rybacką. Obejmował także zaprojektowany w całości skansen o charakterze kujawskim, w formie zagrody i spichlerza podworskiego. Dyrektorka wydała kilkanaście książek muzealnych w postaci przewodników i monografii.
Działalność społeczna i popularyzatorska W styczniu 1947 roku powołano ją do Zarządu Głównego przekształcającego się Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego (PTL), który utworzono się na 22 Walnym Zgromadzeniu Towarzystwa Ludoznawczego w Lublinie (24-25 stycznia 1947 r.). W marcu tego samego roku założyła oddział PTL w Toruniu, podejmując próbę zjednoczenia dwóch środowisk: etnograficznego i około etnograficznego. Objęła funkcję sekretarza oddziału, a następnie 1949 r. została wiceprezesem. W roku 1954 powołano ją na stanowisko prezesa. Toruńskim oddziałem Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego zarządzała do roku 1981.