Burton nie zgadzał się z nim uważając, że należy sprawdzić, czy Jezioro Wiktorii nie jest jeziorem przepływowym, a prawdziwe źródła Nilu leżą gdzieś dalej. Wracając do Anglii rozdzielili się i Speke dotarł do Londynu dwa tygodnie przed Burtonem. Mimo obietnicy, że wyniki odkryć ogłoszą wspólnie, Speke natychmiast doniósł w Królewskim Towarzystwie Geograficznym o swoim odkryciu źródeł Nilu. Dzięki temu cała sława odkrywcy przypadła Speke’owi.
Za swoje odkrycia w Afryce otrzymał w 1861 od Królewskiego Towarzystwa Geograficznego Złoty Medal (Founder's Medal). W roku 1862 wraz z Jamesem Augustusem Grantem odkrył wypływ Nilu z Jeziora Wiktorii. Odkrycia te rozwiązały problem źródeł Nilu (do czasu odkrycia rzeki Kagera), co Speke ogłosił natychmiast po powrocie do Anglii. W związku ze sprzeciwem Burtona, który nadal podważał wyniki raportu, Brytyjskie Stowarzyszenie ds. Rozwoju Nauki zorganizowało dla obu badaczy debatę publiczną, która miała rozpocząć się 16 września 1864 roku. Dzień wcześniej Speke zginął od własnej kuli podczas polowania w okolicach domu. W prasie pojawiły się sugestie iż mogło to być samobójstwo dżentelmena i człowieka honoru, który nie mógł znieść pomówienia o głoszenie nieprawdy.