Misja w Old Town Po przyjeździe do Old Town, zamieszkała w chacie z błota i liści palmowych. W krótkim czasie dom Mary zapełnił się dziećmi. Niektóre zostawiali tu rodzice uważając, że więcej się nauczą, mieszkając z białą kobietą. Inne znajdowała porzucone w dżungli i wyratowała od pewnej śmierci. Zaczęła również badać tereny wiodące w górę rzeki Cross, decydując się na podróż do miasta James Town na wezwanie wodza plemienia Okon. Była już dobrze znana z prowadzenia twardych negocjacji handlowych i starań o niestosowanie okrutnych kar. Król Eyo Honesty, gdy dowiedział się o planach misjonarki, mimo sprzeciwów, wysłał po nią własną królewską łódź.
Następne miesiące były bardzo ciężkie dla Mary – częste ataki malarii zmuszały ją do bezczynności. Ulewne tropikalne deszcze i wilgotny upalny klimat pogarszał dodatkowo jej słabe zdrowie. Kiedy w 1883 zdecydowała się na powrót do Szkocji, była tak słaba, że musiano ją wnieść na statek na noszach. Wracała jednak w towarzystwie paromiesięcznej, porzuconej dziewczynki, którą nazwała imieniem swojej młodszej siostry Janie. Po powrocie po raz kolejny zdecydowała się na przeniesienie matki i rodzeństwa w miejsce o łagodniejszym klimacie – tym razem do Devonshire.