Został rezydentem archidiecezji krakowskiej, gdzie objął funkcję delegata Arcybiskupa Metropolity Krakowskiego do spraw nauki i kultury. W 2005 został mianowany kanonikiem Kapituły Metropolitalnej na Wawelu. Brał udział w procesie beatyfikacyjnym Jana Pawła II, przewodnicząc w latach 2005–2006 trybunałowi rogatoryjnemu w Krakowie.
W ramach prac Konferencji Episkopatu Polski był w latach 1992–1993 zastępcą sekretarza generalnego, a w latach 1993–1998 sekretarzem generalnym Konferencji. Został członkiem Rady Głównej (od 1996 Rady Stałej) i Rady Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej. Z nominacji Jana Pawła II od 11 maja 1998 do 21 czerwca 2010 pełnił funkcję przewodniczącego Kościelnej Komisji Konkordatowej. Jako sekretarz generalny Konferencji koordynował całość prac organizacyjnych podróży apostolskiej Jana Pawła II do Polski w 1997, zainicjował wydawanie „Akt Konferencji Episkopatu Polski”, a także przyczynił się do założenia Katolickiej Agencji Informacyjnej i Fundacji „Opoka”.