Po wybuchu wojny z Prusami biskup udał się na wygnanie, a Werner musiał poszukać sobie nowego zajęcia. Próbował otrzymać pracę od króla Fryderyka II, ale pomimo zachęcających początków nic z tego nie wyszło. W 1744 po raz ostatni była wzmiankowana jego żona, a 22 maja 1758 ożenił się powtórnie we Wrocławiu z Marią Magdaleną Treffa. W 1746 r. rodzina rysownika sprzedała za 2275 talarów posiadłość w Istebce. Ogród za 370 śląskich talarów otrzymał kuzyn Buchman. Reszta gospodarstwa, które spłonęło po uderzeniu pioruna 9 lipca 1742 r., nie była dużo warta, stąd spadek Wernera wyniósł tylko 800 talarów. 10 października 1752 roku podczas powrotu z Pragi, jadąc wozem towarowym, Werner przeżył niebezpieczny wypadek, gdy wpadł do błotnistego jeziora wraz z przewożonymi pakunkami.