Wiadomo, że do 1766 zajmował on stanowisko inżyniera budowlanego w Izbie do Spraw Wojny i Dóbr Skarbowych Departamentu Budownictwa i Zabudowy Wiejskiej przy Królewskim Urzędzie Budowlanym we Wrocławiu. Nie wiadomo, jaki był zakres jego obowiązków. Nie są również znane rysunki, które powstały na zlecenie tego urzędu lub kardynała Sinzendorfa. Wiadomo natomiast, że od tego czasu Werner poświęcił się wyłącznie rysowaniu krajobrazów Śląska. Wynikiem tego jest licząca 3000 stron 5-tomowa Topographia Silesiae oraz licząca 1400 rycin topografia hrabstwa kłodzkiego. Dzieło Topographia Silesiae powtórzył jeszcze trzy razy, przy czym za każdym razem dodawał nowe ryciny. Próbował swoich sił także w miedziorytnictwie. W latach 1748–1758 opublikował księgę domów modlitwy z 164 ilustracjami, a zaraz potem serię widoków klasztorów cysterskich Czech, Moraw i Śląska. Topografia hrabstwa kłodzkiego zaginęła podczas II wojny światowej, a z czterech egzemplarzy Topographia Silesiae pozostały liczne fragmenty, wśród których brak jedynie księstwa jaworskiego. Pod koniec życia Werner znalazł się w trudnej sytuacji materialnej. Skłoniło go to m.in. do sprzedania swojego pamiętnika, który zawierał również panoramy śląskie i europejskie.