W rundzie wiosennej Baszczyński wystąpił we wszystkich meczach Wisły oprócz drugiego meczu 1/8 finału Pucharu Polski z Polonią Warszawa, gdyż po pierwszym wygranym 5:0 spotkaniu w Krakowie na rewanż do Warszawy trener desygnował skład rezerwowy. 20 kwietnia Baszczyński strzelił bramkę w meczu ligowym z Górnikiem Łęczna na 1:1 (mecz zakończył się wynikiem 2:2). Drugą bramkę strzelił 25 maja w meczu z Górnikiem Zabrze na 1:0 (mecz zakończył się wynikiem 2:1 dla Wisły). Ze względu za żółte kartki Baszczyński musiał pauzować w 25 kolejce ligowej. Ostatnim meczem w sezonie dla Baszczyńskiego był rewanżowy mecz półfinału Pucharu Polski, w którym został ukarany czerwoną kartką, a Wisła nie wywalczyła awansu.
Baszczyński po raz trzeci z rzędu, a czwarty w karierze wygrał z Wisłą rozgrywki ligowe. W sezonie 2004/2005 zagrał w 25 meczach ligowych (na 26), w których strzelił 2 bramki. 5 razy został ukarany żółtą kartką. W Pucharze Polski Baszczyński wystąpił w 9 spotkaniach, w których został ukarany raz czerwoną kartką. Ponadto wystąpił w 5 meczach Europejskich Pucharów, w których również został ukarany czerwoną kartką.
PAE Atromitos Od sezonu 2009/10 Marcin Baszczyński był zawodnikiem greckiego klubu PAE Atromitos.