Heydrich szacował, że w Europie przebywa około jedenastu milionów Żydów, z czego połowa w krajach niebędących pod kontrolą Niemiec. W celu sprawnego przeprowadzenia eksterminacji trzeba było skoordynować działania wielu ministerstw i urzędów III Rzeszy. Głównym celem konferencji było ustalenie zakresu kompetencji (ostatni etap fizycznej eksterminacji miał spoczywać w wyłącznej gestii Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy) oraz postępowanie wobec tzw. mieszańców (czyli osób, których przodek był narodowości żydowskiej) i osób z małżeństw mieszanych. Konferencja trwała około 90 minut, przez godzinę przemawiał Heydrich omawiając podjęte już środki i planowane metody eksterminacji, następnie odbyła się półgodzinna dyskusja.
Narada miała się odbyć 9 grudnia 1941 roku, ale po japońskim ataku na bazę Pearl Harbor (7 grudnia 1941) i wypowiedzeniu przez III Rzeszę wojny Stanom Zjednoczonym, termin musiał być przesunięty.
Niektóre decyzje przygotowano podczas narady rozpoczętej 14 stycznia w ośrodku Himmlera na Mazurach Hegewaldheim, dziś w Żabincehttps://web.archive.org/web/20160304192922/http://www.ghwk.de/fileadmin/user_upload/pdf-wannsee/jahrestage/2003-schulte.pdf.