Konferencja w Wannsee to pierwsze spotkanie wysokich rangą przedstawicieli ministerstw i urzędów III Rzeszy oraz SS. Celem Heydricha, jako szefa policji bezpieczeństwa i SD było poinformowanie obecnych o zadaniu, jakie Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy otrzymał od Heinricha Himmlera.
Z wyjątkiem dwóch, wszyscy sekretarze stanu byli poinformowani o deportacjach oraz zbiorowych egzekucjach na wschodzie. Przedstawiciele SS byli w nie zaangażowani bezpośrednio, poprzez organizację i planowanie. Wszyscy uczestnicy wyrazili gotowość współpracy.
Przedstawiciel Ministerstwa Spraw Zagranicznych chciał, żeby deportacje rozpoczęły się w krajach, w których mogą one być zrealizowane bez wielkich trudności. Sekretarz stanu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych proponował przymusową sterylizację zamiast deportacji w odniesieniu do „Żydów mieszanych”. Sekretarz stanu Pełnomocnika ds. Planu Czteroletniego chciał, żeby z deportacji czasowo zostali wyłączeni Żydzi-robotnicy zatrudnieni w przedsiębiorstwach pracujących na potrzeby armii.