W grudniu 1944 Dornberger został zarządzającym rozwojem rakietowej broni przeciwlotniczej (Flak E Flugabwehrkanonenentwicklung), a 12 stycznia 1945 Albert Speer, by usunąć Dornbergera ze strefy wpływu SS, mianował go kierownikiem jednego z biur (Arbeitstab) ministerstwa amunicji. Komórka ta miała szybko opracować nowe bronie rakietowe, kierowane pociski ziemia-powietrze i powietrze-powietrze, aby złamać przewagę powietrzną aliantów. Jednak już miesiąc później, 6 lutego, Kammler, dzięki wsparciu marszałka Göringa przejął dowództwo nad rozwojem i produkcją wszystkich rakiet przeciwlotniczych i pocisków kierowanych, i tym samym Dornberg trafił z powrotem pod jego rozkazy. W międzyczasie Dornberger musiał przenieść sztab ze Schwedt/Oder do Bad Sachsa. Tam porzucił swoje dokumenty, które zostały jednak później odzyskane przez 332. pułk inżynieryjny.
Wobec zbliżającego się frontu, 3 kwietnia 1945 Kammler rozkazał Dornbergerowi ewakuację w okolice Oberammergau (dolne Alpy), wraz z ok. 450 osobami z Peenemünde, pod eskortą Służby Bezpieczeństwa Reichsführera SS. Dornberger, wraz z von Braunem i pozostałym personelem, ostatnie dni wojny spędził w Oberjoch, koło Bad Hindelang
Dornberger i jego personel poddał się amerykańskiej 44.