Po zamachu na Hitlera w lipcu 1944, Heinrich Himmler przejął stanowisko Fromma, w rezultacie czego Peenemünde przejęło SS. Dornberger został 8 sierpnia 1944 odwołany ze stanowiska dowódcy ośrodka i oddelegowany do ćwiczeń personelu rakietowego. Odwołano także wszystkich przełożonych pochodzących z Wermachtu, a ich miejsce zajęli oficerowie SS. Himmler mianował dowódcą ośrodka obergruppenführera Hansa Kammlera.
Od 1 października 1944 piastuje stanowisko inspekteur der raketentruppen. W międzyczasie zastępca dowódcy Armii Rezerwy, Hans Jüttner, porządkuje podział obowiązków w programie rakiet A-4. Kammler miał być odpowiedzialny za działania operacyjne i mieć kontrolę nad całością programu, a Dornberger, jako komisarz ds. specjalnych, miał być zastępcą Kammlera i właśnie inspektorem wojsk rakietowych – odpowiadał za formowanie i trening wojsk rakietowych oraz za logistykę i aspekty techniczne programu A-4 (V-2).