W 2000 roku Sylvain został zawodnikiem Lille OSC. Występował w pierwszym składzie tego klubu, a na koniec sezonu 2000/2001 zajął z Lille 3. pozycję w Ligue 1. Jesienią wystąpił w fazie grupowej Ligi Mistrzów, a następnie w rozgrywkach Pucharu UEFA. W 2002 roku był z Lille piąty w lidze, a w 2003 – czternasty. Jego forma spowodowała zainteresowanie ze strony Olympique Marsylia i latem N’Diaye na zasadzie wolnego transferu przeszedł do tego klubu. 2 sierpnia zadebiutował w lidze w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu z En Avant Guingamp. Z Olympique dotarł w 2004 roku do finału Pucharu UEFA (zagrał 84. minuty w przegranym 0:2 spotkaniu z Valencią), a w 2005 zajął z nią 5. miejsce w Ligue 1.
Latem 2005 N’Diaye wyjechał do Hiszpanii i podpisał kontrakt z Levante UD z Walencji. Przez sezon występował na boiskach Segunda División, a w 2006 roku wywalczył awans do pierwszej ligi. W niej po raz pierwszy wystąpił 29 sierpnia w potyczce z Sevillą (0:4). Nie był jednak podstawowym zawodnikiem Levante, a na sezon 2007/2008 wypożyczono go do drugoligowego CD Tenerife. Latem 2008 powrócił do Francji i został piłkarzem drugoligowego Stade de Reims.