Choniates obficie korzysta z pism Ojców Kościoła sprzed soboru nicejskiego: Ignacego z Antiochii, Justyna Męczennika, Grzegorza Cudotwórcy, Juliusza z Rzymu. Cytuje też późniejszych teologów: Anastazego Synaitę, Efraima z Antiochii, Focjusza, aż po Mikołaja z Metony. Z łacińskich Ojców Kościoła wspomina Ambrożego i Augustyna. Prowadzi gwałtowne polemiki z wyznawcami pogańskiego neoplatonizmu, zwanymi Hellenami (Grekami) oraz z Żydami. Przedstawia też obszernie doktrynę o Trójcy Świętej i o tajemnicy Wcielenia.
Inne pisma Niketas Choniates był także autorem licznych mów i pism okolicznościowych, w których przedstawił początki państwa bułgarskiego. Spośród mów na uwagę zasługują dwie mowy pochwalne na cześć cesarza Aleksego II Komnena, jedna ku czci Aleksego II Angelosa i dwa enkomia poświęcone Teodorowi I Laskarysowi, między innymi z okazji zwycięstwa nad sułtanem Ikonium. Na prośbę Teodora Laskarysa Choniates opracował też ćwiczenie retoryczne porównujące zimę z latem, zatytułowane Silention.