Teolog W latach 1204–1210, już po upadku Konstantynopola Choniates napisał w Nicei ogromne dzieło teologiczne w 25 księgach, znane pod dwoma tytułami: Dogmatyczny Oręż (Dogmatike Panoplia, Δογματικὴ Πανοπλία) oraz Skarbiec ortodoksji (Thesauros orthodoksias, Θεσαυρὸς Ὀρθοδοξίας). Skarbiec stanowi kontynuację pracy Eutymiusza Zigabena, przedstawiającej herezje i błędy doktrynalne w Kościele. Choniates przedstawił obszerniej historię poszczególnych herezji, poświęcając więcej niż Zigaben miejsca najstarszym herezjom. W początkowych księgach wymienia 44 spośród nich. Księgi od V do XVI przedstawiają spory chrystologiczne od arianizmu do ikonoklazmu. Kolejne księgi od XVII do XXV, przypisywane niekiedy Teodorowi Skutariocie, mówią o sektach Armeńczyków, paulicjan, bogomiłów oraz o błędach doktrynalnych Łacinników i Saracenów Znacznie lepsze wprowadzenie do Dogmatike Panoplia przedstawia w swojej książce Alicia Simpson: A. Simpson, Niketas Choniates..., s. 36–50..