W rezultacie kolej ominęła Koływań i Tomsk, most powstał koło wioski Kriwoszczekowo, a nieopodal zbudowano osadę Nowo-Nikołajewsk, później przemianowaną na Nowosybirsk.. Już w 1888 r. badania terenowe zlecone przez rosyjski rząd wykazały, że rejon wsi Kriwoszczekowo jest jedynym rozsądnym terenem wytyczenia trasy Transsibu. 27 lutego 1893 r. imperator Aleksander III Romanow wydał zgodę poprowadzenia trasy kolejowej przez ten teren. Była to kluczowa decyzja w rozwoju przyszłego Nowosybirska, która zapewniła dynamiczny rozwój i dostęp do jednej z najważniejszych linii komunikacyjnej w Imperium Rosyjskim. Magistralą kolejową napływały towary i ludzie. 18 września 1895 r. podjęto decyzję o budowie Soboru św. Aleksandra Newskiego i z tej okazji, poświęcając te tereny nowemu patronowi, postanowiono nadać osadzie nazwę Aleksandrowski (ros. Александровский), nie weszła ona jednak do powszechnego użycia. Według innej wersji nowa nazwa została nadana na cześć imperatora Aleksandra III. Już jednak w rok później Ministerstwo Spraw Wewnętrznych zasugerowało, na cześć nowego cara, Mikołaja II (ros. Николай, Nikołaj), przemianowanie Aleksandra na Nowo-Nikołajewsk. W 1896 roku 1076 mieszkańców miasta podpisało petycję do władz guberni tomskiej w sprawie nadania Aleksandrowi praw miejskich. Propozycja ta spotkała się wówczas z odmową.