W marcu 1897 r. w miasteczku przebywał Włodzimierz Lenin. Wiosną tego samego roku ukończono wreszcie budowę stałego mostu przez Ob.
thumb|Sobór św. Aleksandra Newskiego. Widok z 1899 r. Dzięki doskonałemu położeniu dzisiejszy Nowosybirsk rozwijał się niezwykle szybko. Wkrótce prześcignął pod względem liczby ludności położone w rejonie osiedla ludzkie: Koływań, Suzun, Bierdsk. W 1898 r. liczył 10 137 mieszkańców, w 1900 r. 18 734, a w 1903 r. już 22 257. Obecność stacji kolejowej sprawiła, że w latach 1893–1903 przez wieśMimo znacznej liczby mieszkańców dzisiejszy Nowosybirsk w dalszym ciągu pozostawał wsią. przewinęło się około pół miliona barek z różnymi towarami. 28 grudnia 1903 roku reskryptem numer 747-47 imperator Mikołaj II Romanow nadał prawa miejskie i oficjalnie powołał do istnienia miasto Nowo-Nikołajewsk (wkrótce jako obowiązująca oficjalnie nazwa przyjęła się forma Nowonikołajewsk). Miasto było już wówczas jednym z ważniejszych ośrodków gospodarczo-handlowych Syberii. W 1898 r. przez stację przeszło prawie 2,5 miliona ton ładunku, a w 1901 r. obrót handlowy wyniósł 20 milionów rubli. 12 stycznia 1904 r. odbyły się pierwsze wybory władz miejskich.