Po reformacji – w 1534 kościół farny stał się własnością Kościoła luterańskiego. W 1580 otwarto tu szkołę dla dziewcząt. Przemarsz wojsk brunszwickich w latach 60. XVI w. przez Gryfice (I wojna północna) – spowodował wiele zniszczeń i strat w gospodarce miejskiej, a w dalszej kolei, regres gospodarczy trwający do 2. połowy XVII wieku. W 1595 i 1620 miały miejsce rebelie, podniesione przez niezadowolonych rzemieślników. Od 1603 działa tu bractwo kurkowe.
mały|Panorama Gryfic według Johanna Wolfarta na Wielkiej Mapie Księstwa Pomorskiego Lubinusa (1618 r.)
W 1618 rozpoczęła się wojna trzydziestoletnia, która przerwała rozwój miasta. Wojska cesarskie dalej plądrowały okoliczne wsie i miasto, aż do czasu pojawienia się w sierpniu 1630 wojsk szwedzkich. Gryfice przeżywały kolejny okres klęsk, trwóg i zniszczeń. W 1637 umarł ostatni Gryfita – Bogusław XIV. Postanowieniem pokoju westfalskiego miasto w 1648 zostało włączone do Brandenburgii-Prus.