W sezonie 1958, po wygranym meczu z Łącznością Opole 60:40, Pogoń Prudnik zajęła drugie miejsce w klasie i awansował do III ligi międzywojewódzkiej. W tymże roku drużyna juniorów Pogoni zdobyła wicemistrzostwo województwa.
Na zakończenie sezonu 1958/1959 Pogoń Prudnik uplasowała się w dolnej części tabeli III ligi. Przez reorganizację systemu rozgrywek prowadzonych przez Polski Związek Koszykówki, Pogoń wróciła do opolskiej klasy A z możliwością bezpośredniego awansu do II ligi.
Lata 60. Sezon 1960/1961 klub sklasyfikował się na czwartym miejscu w tabeli wśród dziesięciu drużyn w klasie A. Następny sezon, 1961/1962, Pogoń zakończyła lokując się na pozycji lidera. W dniach od 6 do 8 kwietnia 1962 w Prudniku odbyły się baraże o awans do II ligi. Oprócz Pogoni Prudnik, wzięły w nich udział kluby: Stella Gniezno, Polonia Świdnica, Lechia Zielona Góra. Pogoń wygrała z Polonią Świdnica 61:44 oraz przegrała z Lechią Zielona Góra 86:63 i Stellą Gniezno 73:72. Prudniczanie mogli przegrać z Gnieznem, ale różnicą nie większą niż 5 punktami. Spotkanie zakończyło się jednopunktowym zwycięstwem po dogrywce Stelli, który dał awans Pogoni.