Clark zaczął organizować kampanię, której celem było zajęcie miejscowości New Madrid, Saint Louis, Natchez i Nowy Orlean, biorąc do pomocy starych towarzyszy broni jak Benjamin Logan i John Montgomery i uzyskując wsparcie gubernatora Kentucky Isaacka Shelby’egoEnglish, t.2, ss.821-822. Wstępnie, na zaopatrzenie, wydał $4680 z własnej kieszeniJames, s.425. Jednakże na początku roku1794 prezydent Waszyngton wydał proklamację, w której zabraniał Amerykanom naruszania neutralności państwa i zagroził, że wyśle gen. Anthony’ego Wayne’a do Fortu Massac dla powstrzymania ekspedycji. Rząd francuski odwołał Genêta i cofnął wszystkie podjęte przezeń decyzje odnośnie do wojny z Hiszpanią. Plany Clarka runęły, a próby odzyskania od Francuzów wydatkowanych na kampanię pieniędzy spełzły na niczym.
Nie minęło kilka lat, gdy wierzyciele wyzuli weterana ze wszystkich jego posiadłości. Clark został z niewielkim spłachetkiem gruntu w Clarksville, gdzie zbudował młyn wodny, w którym pracował wespół z dwoma czarnymi niewolnikamiEnglish, t.2, s.862. Przez następne dwadzieścia lat Clark żył w zapomnieniu i miał kłopoty z alkoholem. Nie ożenił się, nie miał żadnych przygód z kobietami, aczkolwiek w rodzinnej tradycji zachowała się historia jego romansu z Teresą de Leyba, siostrą Don Fernanda de Leyby.